Hoy acabo de descubrir que dar alto 100% a una capa ya no es un problema. Recordaba pasadas incompatibilidades, un post de mi antiguo trabajo, y otros trucos que ya no hacen falta.
Cogiendo el ejemplo de Corunet, y simplemente dando 10% de alto al footer, 90% al container, y 100% a las columnas, obtenemos el resultado esperado en todos los exploradores. Puedes verlo en http://www.jesuscarrera.info/uploads/100height.html.
